Het gebruik van producten met Sint-Janskruid is niet zonder risico. Patiënten moeten goed geïnformeerd zijn over bijwerkingen en wisselwerkingen met andere medicijnen als zij producten met Sint-Janskruid gebruiken.
Sommige medicijnen met Sint-Janskruid zijn geregistreerd als officieel geneesmiddel. Deze zijn in Nederland sinds 2010 in de handel en zonder recept verkrijgbaar bij de apotheek. Andere middelen met Sint-Janskruid zijn kruidensupplementen. Deze kunnen zonder recept bij de apotheek, drogist of andere winkels gekocht worden. De kruidensupplementen kunnen net als de geregistreerde geneesmiddelen bijwerkingen en wisselwerkingen met andere medicijnen geven.
Bijwerkingencentrum Lareb ontving zeventig meldingen over bijwerkingen bij gebruik van producten met Sint-Janskruid. De meeste meldingen gingen over kruidensupplementen. Veel gemelde klachten waren wisselwerkingen met andere medicijnen, duizeligheid en angst. Klachten begonnen vaak al binnen enkele weken na start.